El SICOFAA tiene una estructura orgánica cuya máxima autoridad es la Conferencia de Jefes de las Fuerzas Aéreas Americanas (CONJEFAMER), los cuales se reúnen anualmente para deliberar sobre diversos asuntos, ya sea en reuniones multilaterales o bilaterales. Asimismo, se pueden incluir otros tópicos aeroespaciales, constituyen temas fundamentales para el SICOFAA, como son las operaciones aeroespaciales; los recursos humanos, la educación y el entrenamiento; la búsqueda y salvamento y asistencia en casos de desastres; el control del espacio aéreo; la informática y telecomunicaciones; la logística; la medicina aeroespacial; la meteorología; la prevención de accidentes aéreos; el desarrollo científico y tecnológico; el derecho aeronáutico; la doctrina del SICOFAA y la comunicación estratégica.